Amfotericine B geeft bij de meeste mensen geen bijwerkingen. Soms kun je maagdarmklachten krijgen en misselijk worden. Ook huiduitslag komt voor bij mensen die overgevoelig zijn voor het medicijn, maar dat hoeft niet. Zeer zelden zijn er mensen met klachten zoals, ontsteking van de tong, gele verkleuring van de tanden, overgevoeligheid voor het medicijn wat resulteert in huiduitslag, jeuk en roodheid. In zeldzame gevallen kun je benauwd worden of een gezwollen gezicht, tong, lippen of keel krijgen.
Je kunt ook een ernstige huidaandoening krijgen met blaren op je huid. Mocht je last krijgen van deze bijwerkingen stop dan met het gebruik van dit medicijn en neem contact op met je arts.